En 2004, il ne peut se rendre à Athènes pour participer aux Jeux olympiques puisqu'il est handicapé par une mononucléose et une toxoplasmose. Il renoue avec les bassins en 2005 et parvient à passer pour la première fois sous la barre des 50 secondes lors des championnats de France 2005. Plus encore, il remporte sa première médaille internationale lors de l'Euro en petit bassin avec ses compatriotes du relais 4 x 50 m nage libre. Le nageur français connaît une saison 2006 riche puisqu'il remporte de nouvelles médailles aux championnats d'Europe en grand et petit bassin. À Budapest pour l'Euro en grand bassin, le nageur monte sur la troisième marche du podium avec le relais 4 x 100 m nage libre. Lors de la finale du 100 m nage libre, le Français part extrêmement vite passant en tête après la première longueur de bassin mais doit cependant se contenter de la dernière place dans cette épreuve après une seconde longueur plus difficile.
Quelques mois plus tard, il obtient sa première médaille individuelle dans un grand championnat lors de l'Euro en petit bassin d'Helsinki. Troisième sur le 100 m nage libre, il obtient la médaille d'argent avec le relais 4 x 50 m nage libre. Mais en cette fin d'année 2006, Bernard, qui évoluait jusqu'ici au sein du club du CN Marseille, rejoint le club du CN Antibes.
En février 2007, il bat le record de France du 100 m nage libre en grand bassin en 48"81 (ancien record en 48"97 par Frédérick Bousquet). À cette occasion il s'appropriait la meilleure marque mondiale de l'année et se plaçait en outsider pour les Championnats du monde de natation 2007 à Melbourne.
Lors de cette compétition mondiale, il remporte la médaille de bronze avec le relais français 4x100 m nage libre mais échoue à deux centièmes de seconde pour la qualification en finale du 100 m nage libre.
Passé la déception individuelle de ces mondiaux, il enchaîne les records de France sur 50 et 100 m nage libre. Sur la première distance, il réalise un chrono de 21"76 lors des Championnats de France à Saint-Raphaël ce qui constitue la troisième performance mondiale de tous les temps à seulement 12 centièmes de seconde du record de monde du Russe Alexander Popov. Lors de ces mêmes championnats, il bat le record de France du 100 m pour la troisième fois en quelques mois. Plus encore, en 48"12, il devient le deuxième nageur le plus rapide de l'histoire sur la distance à égalité avec le double champion du monde Filippo Magnini et à moins de trois dixièmes de seconde du record du monde de Pieter van den Hoogenband.
Deuxième performeur de l'histoire durant quelques temps, il dépasse aussi les temps réalisés par quelques-uns des plus grands sprinteurs de l'histoire comme le tsar russe Alexander Popov (double champion olympique de la distance en 1992 et 1996) ou l'Américain Matt Biondi (champion olympique en 1988) avec des records respectivement à 48"21 et 48"42.
